Повернути з бюджету або врахувати в рахунок сплати майбутніх платежів податковий агент може тільки ту суму надміру сплаченого військового збору, яка була перерахована до бюджету понад суму грошових зобов'язань, граничний строк сплати якої настав на таку дату, шляхом подання до контролюючого органу заяви у довільній формі.
Контролюючий орган не пізніше ніж за п'ять робочих днів до закінчення двадцятиденного строку з дня подання платником податків заяви готує висновок про повернення належних сум коштів з відповідного бюджету або з єдиного рахунку та подає його для виконання відповідному органові, що здійснює казначейське обслуговування бюджетних коштів.
На підставі отриманого висновку орган, що здійснює казначейське обслуговування бюджетних коштів, протягом п'яти робочих днів здійснює повернення помилково та/або надміру сплачених грошових зобов'язань та пені платникам податків у порядку, встановленому центральним органом виконавчої влади, що забезпечує формування та реалізує державну фінансову політику.
Законом № 3219 виключено п. 102.9 ПКУ відповідно до якого на період дії правового режиму воєнного, надзвичайного стану, що вводиться в Україні, зупинявся перебіг строків, визначених ПКУ, іншим законодавством, контроль за дотриманням якого покладено на контролюючі органи, крім випадків, передбачених ПКУ, та встановлено, що пп. 69.9 підрозд. 10 розд. ХХ «Перехідні положення» ПКУ, який встановлював окремі особливості зупинення перебігу строків, діяв до 01.08.2023 р.
Тобто з 01.08.2023 р. для платників податків та контролюючих органів відновлено перебіг строків, визначених ПКУ та іншим законодавством, контроль за дотриманням якого покладено на контролюючі органи (зокрема, в частині подання заяви про повернення надміру сплачених грошових зобов'язань протягом 1095 днів від дня виникнення помилково та/або надміру сплаченої суми та/або пені).